Κοντά στα ανατολικά τείχη της Άνω Πόλης, ανάμεσα στις οδούς Ηροδότου και Αποστόλου Παύλου, περικλείεται από περίβολο ο Άγιος Νικόλαος Ορφανός, μετόχι της Μονής Βλατάδων, υπαγόμενο στο Πατριαρχείο, και άλλοτε καθολικό μονής. Από το μοναστηριακό συγκρότημα σώζονται λείψανα του προπύλου προς την οδό Ηροδότου.

Η προσωνυμία "Άγιος Νικόλαος Ορφανός" και "Άγιος Νικόλαος των Ορφανών" απαντά σε πηγές του 17ου και 18ου αιώνα και συσχετίστηκε είτε με τον άγνωστο ιδρυτή του ναού και την οικογένειά του είτε με την ιδιότητα του Αγίου Νικολάου ως προστάτη των χηρών και των ορφανών. Η ανέγερση του μνημείου πιθανώς προσδιορίζεται χρονικά από την τοιχογράφηση του που εντάσσεται ανάμεσα στα 1310-1320.

Η λειτουργία της μονής συνεχίστηκε και επί Τουρκοκρατίας. Οι τοιχογραφίες της αποκαλύφθηκαν το 1957-1960 κατά τις εργασίες αποκατάστασης του μνημείου.

Στον κατάλογο της Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO είναι από το 1988.