Η μόνιμη έκθεση του μουσείου περιλαμβάνει εκθέματα που παρουσιάζουν τις ποικίλες μορφές της βυζαντινής τέχνης από την εποχή της ακμής μέχρι και την περίοδο που ακολούθησε μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Τούρκους το 1453. τα εκθέματα δεν εκτίθενται σαν απλά έργα τέχνης αλλά σαν μαρτυρίες του πολιτισμού που τα δημιούργησε και της κοινωνίας που τα χρησιμοποίησε, μέσω πληροφοριών για την αρχική καταγωγή και χρήση τους. Το μουσείο φιλοξενεί επίσης προσωρινές εκθέσεις, από μουσεία απ' όλο τον κόσμο, σχετικές με τη βυζαντινή τέχνη και το βυζαντινό πολιτισμό. Στις προηγούμενες εκθέσεις συμπεριλαμβάνονταν εκθέσεις των θησαυρών του Αγίου 'Ορους, εκθέσεις εικονισμάτων και άλλες εξίσου ενδιαφέρουσες εκθέσεις.


Εισιτήρια: 4€, Ενήλικες άνω των 65 2€, Ελεύθερη είσοδος για φοιτητές και παιδιά κάτω των 10. Ενιαίο εισιτήριο (περιλαμβάνει επίσκεψη στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης): €, Ενήλικες άνω των 65 4€, Ελεύθερη είσοδος για φοιτητές και παιδιά κάτω των 10.