Η περίπτωση της λιμνοθάλασσας Καλοχωρίου είναι μοναδική στην Ελλάδα, καθώς πρόκειται για έναν "νέο" υγρότοπο που δημιουργήθηκε σταδιακά από τα μέσα της δεκαετίας του '50, ως αποτέλεσμα της καθίζησης του εδάφους που προκλήθηκε από την υπεράντληση νερών από τους υπόγειους υδροφορείς σε συνδυασμό με τη χαλαρή σύσταση του εδάφους (Anastasiadis et al 2004).


Πριν την εκτροπή του ποταμού Αξιού, το 1934, η περιοχή καλύπτονταν από εκτεταμένα έλη. Την περίοδο 1955 - 1980 η Εταιρεία Ύδρευσης Θεσσαλονίκης έκανε πολλές γεωτρήσεις στην περιοχή του Γαλλικού ποταμού για την υδροδότηση της πόλης της Θεσσαλονίκης, ενώ το ίδιο διάστημα έγιναν πολλές ακόμη γεωτρήσεις από ιδιώτες.

Αποτέλεσμα ήταν ο υπόγειος υδροφόρος ορίζοντας της περιοχής να πέσει κατά 36 μέτρα από το 1976 (ΕΚΒΥ & ΟΡΘ 2004, Anastasiadis et.al. 2004). Επιπλέον η καθίζηση του εδάφους στο Καλοχώρι ήταν περίπου 1,20 μέτρα μεταξύ 1965 - 1975, ενώ στην δεκαετία του '90 έφτασε τα 2,5 μέτρα. Για την αντιμετώπιση ενδεχόμενης πλημμύρας του Καλοχωρίου κατασκευάστηκαν το 1976 παράκτιο ανάχωμα, αποστραγγιστική τάφρος και αντλιοστάσιο.


Σήμερα η λιμνοθάλασσα καλύπτει μία έκταση 2.260 στρεμμάτων. Ο πυθμένας της λιμνοθάλασσας βρίσκεται 0,5 - 1 μέτρο κάτω από τη θάλασσα. Παρά την γενική υποβάθμιση της λιμνοθάλασσας λόγω ξηρασίας, σκουπιδιών και αποβλήτων, παραμένει μία από τις πιο σημαντικές περιοχές μέσα στην προστατευόμενη περιοχή λόγω του μεγάλου αριθμού παρυδάτιων πουλιών που μπορεί να παρατηρήσει κανείς εκεί όλες τις εποχές.

Το φαινόμενο της καθίζησης είναι ορατό και στην εκβολή του Γαλλικού ποταμού, όπου μπορεί κανείς να δει τους τηλεφωνικούς στύλους μέσα στη λιμνοθάλασσα, εκεί που άλλοτε ήταν βοσκότοπος.