Το Αρχαιολογικό Μουσείο Μυκηνών βρίσκεται εντός του αρχαιολογικού χώρου των Μυκηνών. Είναι διαμορφωμένο ώστε να εξυπηρετεί τόσο τη διαφύλαξη του υλικού που προέρχεται από τις ανασκαφές στην ακρόπολη των Μυκηνών, την άμεση περιοχή της και τον ευρύτερο περιβάλλοντα χώρο της, όσο και να λειτουργεί ως εκθεσιακός χώρος, για την ενημέρωση των επισκεπτών, συμπληρώνοντας την περιήγηση τους.


Το μουσείο στεγάζεται σ'ένα σύγχρονο κτήριο, το οποίο ανεγέρθηκε στους πρόποδες του λόφου των Μυκηνών και σε άμεση γειτνίαση με την ακρόπολη. Κτίστηκε με τρόπο που να εξασφαλίζει άμεση επικοινωνία με τα αρχαία κατάλοιπα, τμήματα των οποίων είναι ορατά από τα μεγάλα παράθυρα του και που ο επισκέπτης συναντάει στην πορεία του από την είσοδο του αρχαιολογικού χώρου, όπου βρίσκεται το εκδοτήριο. Είναι κτισμένο σε τρία επίπεδα και καλύπτει μία συνολική επιφάνεια 2000 τ.μ. Μεγάλη έκταση του μουσείου είναι αφιερωμένη στη φύλαξη του αρχαιολογικού υλικού που προέρχεται από τις ανασκαφικές έρευνες που διεξάχθηκαν στο παρελθόν και συνεχίζονται στις μέρες μας.


Ο εκθεσιακός χώρος καλύπτει περίπου το ένα τέταρτο της έκτασης του μουσείου. Διαμορφώθηκε στην ανατολική πτέρυγα του κτηρίου, σε δύο επίπεδα και περιλαμβάνει τρεις αίθουσες. Η κεντρική του είσοδος βρίσκεται στη νοτιοδυτική του πλευρά. Πριν φτάσει στο προαύλιο όπου και η είσοδος της έκθεσης, ο επισκέπτης συναντά το «θολωτό τάφο των Λεόντων?. Η είσοδος οδηγεί σ?έναν ευρύχωρο προθάλαμο (165 τ.μ), στο κέντρο του οποίου έχει τοποθετηθεί μία μακέτα της ακρόπολης, ενώ πίνακες με κείμενα και εποπτικό υλικό παρουσιάζουν τις συνδεδεμένες με τις Μυκήνες, απεικονίσεις του χώρου από περιηγητές των περασμένων αιώνων, καθώς και το ιστορικό των ανασκαφών. Η επίσκεψη αρχίζει από την αίθουσα που επικοινωνεί με τον προθάλαμο στη δεξιά του πλευρά. Οι άλλες δύο αίθουσες βρίσκονται σε χαμηλότερο επίπεδο και επικοινωνούν με την πρώτη με διπλό επικλινή διάδρομο. Μετά απ' αυτές ο επισκέπτης επιστρέφει στον προθάλαμο από άλλο επικλινή διάδρομο.


Η έκθεση αναπτύσσεται σε τέσσερις αυτοτελείς ενότητες, ως επί το πλείστον σε μεγάλες περιμετρικές επιτοίχιες προθήκες. Οι δύο πρώτες αίθουσες του εκθεσιακού χώρου είναι αφιερωμένες η πρώτη στη ζωή των Μυκηναίων και η δεύτερη σε κατώτερο επίπεδο, στα ταφικά τους έθιμα. Στην πρώτη αίθουσα, που είναι και η μεγαλύτερη (150 τ.μ.), παρουσιάζονται εκθέματα από την πρώτη χρήση του χώρου ως το τέλος των προϊστορικών χρόνων, ανάλογα με τα κτιριακά συγκροτήματα, στα οποία βρέθηκαν. Στη δεύτερη αίθουσα (115 τ.μ.) παρουσιάζεται το υλικό που προέρχεται από τάφους, αρχίζοντας από τους Ταφικούς Κύκλους Α και Β και συνεχίζοντας με τα εκθέματα από τα διάσπαρτα νεκροταφεία των θαλαμωτών τάφων στην ευρύτερη περιοχή των Μυκηνών. Οι άλλες δύο ενότητες αποτελούν τα θέματα της τρίτης αίθουσας (115 τ.μ.) της έκθεσης. Η πρώτη αφορά στη χρήση του χώρου στις Μυκήνες κατά τους ιστορικούς χρόνους ενώ η δεύτερη και τελευταία είναι αφιερωμένη στις δραστηριότητες των Μυκηναίων, στις οποίες οφείλεται η μοναδικότητα του μυκηναϊκού πολιτισμού.


Στις ευρύχωρες αποθήκες του μουσείου στεγάζεται επίσης υλικό που μεταφέρθηκε από το Μουσείο Ναυπλίου και το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο. Εξειδικευμένα εργαστήρια, κεραμικών και μετάλλινων αντικειμένων επιτρέπουν τη συντήρησή του υλικού επί τόπου ενώ υπάρχουν χώροι γραφείων και βιβλιοθήκη για τη διευκόλυνση των μελετητών, που ενασχολούνται με αυτό.